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慶雲２年（705年）文武天皇の勅願で大伴古麻呂に開創されたそうです。

本尊の聖観音像は「身代わり観音」として有名で「今昔物語集」にも書かれています。
丹波の桑田郡の郡司が仏師に依頼して聖観音像を作らせました。
褒美として大切にしていた名馬を与えましたが、惜しくなった郡司は、家来に命じて仏師を弓で射殺してしまいました。
ところが射殺したはずの仏師は健在で、作らせた聖観音像の胸に矢が刺さっていたそうです。
改心した郡司は仏道を信じるようになりました。


応仁の乱で兵火に焼かれ伽藍が被害を受け、明智光秀の丹波攻めに巻き込まれ焼失しました。
17世紀中頃に行廣上人により再興されましたが京保13年（1728年）火災で本堂が焼失、その後、京保20年（1735年）に再び再建されました。

明治29年（1896年）、本堂の天井裏から釈迦涅槃像が発見されました。

京都の亀岡市の田畑が広がる中に建ったお寺です。

円応院では京都府の登録文化財に指定されている日本庭園が見れます。
円応院内には明治天皇ゆかりの物や、穴太寺縁起に描かれた、当時の穴太寺の景観を描いた襖絵があります。
円応院から渡り廊下で本堂内の拝観ができ、明治時代に屋根裏から発見された釈迦涅槃像が布団を掛けられ安置されています。布団をめくり自分の身体の悪い部分と同じ個所を撫でると治ると言われています。

ご本尊は絶対秘仏で拝むことはできません。

2018.9.26 参拝






御朱印：聖大悲殿

宗派：天台宗
御本尊：聖観世音菩薩（札所本尊）・薬師如来（本尊）
ご詠歌：かかる世に　生まれあふ身の　あな憂やと　思はで頼め　十声一声
所在地：〒621-0029　京都府亀岡市曽我部町穴太東ノ辻46

拝観時間：8:00~17:00
入山料：無料（本堂・庭園　500円）
駐車場：あり
公式ホームページ：なし
（2025年12月現在の情報）